Le origini di questo alimento, molto diffuso nella vita quotidiana, sono assai antiche ed incerte. La scoperta probabilmente fu casuale: il latte, se lasciato a contatto con gli otri ricavati dalla pelle o dallo stomaco degli animali da cui veniva ottenuto, venendo a contatto con particolari tipi di fermenti e grazie all'azione del calore, si tramuta naturalmente in yogurt. Venne notato che il latte così trasformato poteva durare più a lungo prima di divenire malsano, ovvero come sappiamo oggi prima di essere infestato da agenti patogeni e per questo il procedimento venne ripetuto nei secoli come metodo di conservazione del latte.
Questo prodotto è attestato circa nel 6000 a.C. in Asia centrale ad opera di popolazioni proto altaiche durante il neolitico e in seguito importato da popoli turchi in Europa nei Balcani.
In seguito ai contatti culturali ed alle migrazioni dei popoli che già lo usavano, l'uso dello yogurt si diffuse presto in tutto l'Occidente fra: i fenici, i greci, gli egizi ed i romani. Al contempo l'opera di diffusione continuò in Oriente: se ne trova traccia nelle novelle de Le mille e una notte quindi era diffuso anche fra gli Arabi. Lo yogurt incontrò un eccezionale successo anche in India, ove a tutt'oggi costituisce uno dei principali alimenti della dieta locale.
Circondato dalla fama di panacea, di rimedio per l'insonnia e la tubercolosi e di ausilio per la rigenerazione del sangue, lo yogurt non era ancora stato analizzato dal punto di vista scientifico. Il dottore bulgaro Stamen Grigorov riuscì ad isolare un batterio che venne chiamato Lactobacillus bulgaricus o Lactobacillus bulgaricus GLB44, uno degli organismi responsabili della fermentazione del latte. Invece Il'ja Mečnikov, microbiologo russo, incuriosito dalla longevità delle popolazioni bulgare che facevano grande uso di yogurt, fu il primo a studiarlo in laboratorio. Egli, credendo che questo lattobacillo fosse essenziale per la buona salute, riuscì a convincere l'imprenditore Isaac Carasso a sviluppare tecnologie industriali per la produzione dello yogurt. Nel 1919 quest'ultimo realizzò il primo stabilimento commerciale per la produzione di yogurt a Barcellona, chiamando la sua impresa Danone, nome che porta ancor oggi.
Attualmente lo yogurt viene prodotto per lo più in grandi impianti industriali, con l'impiego di colture microbiche selezionate, ma esiste anche la possibilità di produrlo in casa con, o senza, l'ausilio delle "yogurtiere", piccoli elettrodomestici per la produzione di yogurt. Grande successo riscontrano sul mercato gli yogurt dolci, a cui spesso vengono aggiunti: zucchero, altri dolcificanti, frutta e/o altri ingredienti.
